本校位在台灣省最西端，於澎湖本島西南方18海哩處─花嶼島，屬三級離島地區，是目前澎湖群島中僅存的三級離島學校。目前島上戶籍約有108戶，在籍人口超過300人，實際居住人口約120人。四面環海，家長均以漁撈活動為經濟的主要來源，經濟條件甚差。本校不僅位置偏遠，交通更是不便，冬季東北季風吹襲期間，經常面臨交通中斷的窘境。雖然如此，但本區自然資源豐富，地質生態迥異於澎湖其它島嶼，全國第一座野生動物保護區─「貓嶼海鳥生態保護區」近在咫尺，花嶼是重要的前進站。

        花嶼國小建校於民國37年9月為澎湖縣望安鄉望安國民學校分校，開始提供學童進行學校教育，由於入校就讀學童眾多，於民國41年2月奉准獨立為澎湖縣望安鄉花嶼國民學校。民國57年8月配合國民義務教育政策的施行，改制為澎湖縣望安鄉花嶼國民小學。在此期間，社區民眾也一直盼望學校能設置幼稚園，一直到民國83年8月才奉准設立附設幼稚園。此後，亦順應居民的需求，經常辦理成人教育研習班，並於86年8月至89年6月奉准增設國民小學附設補習學校初級部一班，利用學校資源，提供失學民眾補習教育。

        近年來，以新住民母親為主的學童，陸續入學，因此提供新住民母親的再教育，實有必要，因此，在辦理短期的成人教育研習班教育之後，曾於99學年度設置附設補習學校，提供有系統的補習教育，以提升離島居民相當的教育水準。

        本校學童就特質上，亦有文化不利地區學童的學習上的特徵，如表達力不足、學習動機弱、學習環境不佳…，因此，學校教育的設置，其功能就更顯著，雖有先天上的限制，但不表示學習動能不足。透過學校不斷的指導與補救學習，教師與家長不斷的溝通教育觀，學生學習成效亦能顯著的提升，例如新住民學童學習表現，透過本校補習教育的實施及子女教育管教方法的提供或溝通，新住民學童的表現，並未如一般想法中的導致教育水準降低，反而是有─高於本島籍學童成效的現象。

        此外，學童學習成效亦與師資的穩定有正相關，如花嶼島自然資源豐富，因此，本校資深教師長期以來致力於推展鄉土（本土）自然或環境的主題教學與研究，將成果編輯成冊或指導學童參加科學展覽活動，近10年來，每年於縣內獲得佳績，並數度獲縣代表參加全國科學展覽活動，曾得到佳作、最佳鄉土教材獎、第三名等耀眼成績。

        本校雖面對先天條件交通、文化及生活、家庭教養不利的環境，然期使學校全體同仁能深刻體認到自己對孩童教育工作的重要性，發揮教育熱忱共同努力，為花嶼的孩子點燃明燈，照亮他們的未來。