民國三十七年九月為澎湖縣望安鄉望安國民學校分校

民國四十一年二月奉准獨立為澎湖縣望安鄉花嶼國民學校

民國四十五年有第一屆畢業生

民國五十七年八月改為澎湖縣望安鄉花嶼國民小學

民國八十三年八月奉准增設附設幼稚園一班

民國八十六年八月奉准增設國民小學附設補習學校初級部一班

民國八十九年六月國民小學附設補習學校高級部畢業

民國九十九年八月增設國民小學附設補習學校